Le FOSCAO compte 4 structures :
Le Forum des peuples est l'organe suprême du FOSCAO qui est composé de tous les représentants des OSC enregistrées auprès du FOSCAO, la plupart du temps par délégation. L’article 6.3 de la Charte du FOSCAO prévoit que le Forum des Peuples soit convoqué sur une base annuelle, avant les réunions statutaires de l'Autorité des Chefs d'Etat et de Gouvernement de la CEDEAO, afin d'examiner les activités du Secrétariat régional, d'accepter de nouveaux membres, d’élire de nouveaux dirigeants, d’examiner les activités des États membres de la CEDEAO, et faire des recommandations aux chefs d'État et de gouvernement de la CEDEAO (mors des sommets des chefs d’États et de gouvernements). Toutefois, en raison du manque de fonds, cette disposition a été modifiée et il a été convenu que le Forum se tienne tous les deux ans, avec un mini forum entre les deux. Le Forum des peuples demeure le seul espace où les décisions critiques nécessaires au bon fonctionnement de l'organisation peuvent être prises.