La mission de FOSCAO est de servir de « porte d'entrée » aux organisations de la société civile (OSC) auprès de la CEDEAO. Il s’agit également d’offrir une plate-forme aux OSC leur permettant de mener des actions en synergie, d'exploiter l’espace public ouest africain tout en travaillant de concert avec les communautés, les décideurs, etc. dans le but de contribuer à une Afrique de l’Ouest développée stable et intégrée.